염소 이온은 하수나 분뇨 중에 다량 포함되어 있으며 수중의 염소 이온량은 수질오염의 지표로 사용된다. 그러나 염소 이온은 빗물을 비롯하여 해수, 공장폐수 등의 영향도 많이 받으므로 오염의 상대적 변동, 돌발적 증가를 나타내는 지표로 활용할 수도 있다. 염소 이온이 250ppm 이상이 되면 짠맛을 느끼게 된다