일반 세균은 수중에서 활동하는 병원균 이외의 호기성균이나 혐기성균을 의미한다. 일반 세균은 대체로 무해한 잡균으로서 반드시 병원균은 아니나 물의 오염 상태나 음용수의 안전성 판정을 위한 지표항목으로서 일반 세균이 많다는 것은 오염의 신호라고 할 수 있다. 오염원은 생활하수, 공장 폐수, 강우에 의한 지표 유출수 등의 유입 등으로 추정되며 염소 소독을 적절히 시행하면 사멸된다