암모니아성 질소는 질소의 각종 화합물 중 암모니아 또는 암모늄염으로 존재하는 질소를 의미한다. 물이 유기성 질소로 오염된 경우 점차 부패, 발효, 산화 등에 의하여 분해되어 우선 암모니아를 생성하므로 암모니아성 질소는 물의 오염도를 나타내는 하나의 지표로 쓰이게 된다. 동식물의 사체, 하수, 공장 폐수, 분료, 화학 비료의 유입에 기인하며 암모니아성 질소는 다시 산화되어 아질산성 질소가 되고 다음에 질산성 질소가 되어 최종 산화물로 안정화된다. 암모니아성 질소나 아질산성 질소가 검출되는 것은 분뇨, 하수, 폐수 등의 질소산화물을 다량 포함하는 오물에 의해 오염된 다음 많은 시간이 경과하지 않은 것을 의미하며 오물의 산화문해 작용이 진행중인 것을 표시하는 것이다. 체내에 흡수된 질산염은 pH가 4.6이하 일 때는 환원 작용이 발생하지 않으나, 유아는 pH가 중성 부근으로 되어 많은 양의 아질산염이 발생하여 메트로헤모글로빈 빈혈증을 일으킬 수 있다.